34 miljoner till forskning inom systembiologi
25 augusti 2017
Biokemisten Ylva Ivarsson forskar på hur virus tar över och programmerar om cellers funktioner.
Hallå där! Ylva Ivarsson, forskare i biokemi vid institutionen för kemi vid Biomedicinskt centrum, BMC, som tidigare i sommar fick 34 miljoner i projektbidrag från Stiftelsen för Strategisk Forskning:
Grattis till bidraget! Hur känns det?
–Tack! Det känns jättebra och det är väldigt roligt att se att SSF vågar satsa på så pass nya och unga gruppledare. Jag flyttade tillbaka till Sverige för fyra år sen efter sju års arbete i Italien, Belgien och Kanada. Det har varit roligt och stimulerande att komma tillbaka och se att det faktiskt finns möjligheter för en ung gruppledare att utvecklas inom sitt forskningsområde.
Projektets namn är ”Systembiologisk studie av humana-virala proteininteraktioner” och i ditt team ingår kollegorna Sara Lind, Per Jemth och Ola Söderberg. Vad handlar projektet om?
–Vad vi kommer att göra är en storskalig systembiologisk analys av proteininteraktioner mellan patogener och värdorganismer. Med storskalig analys menar vi att vi ska titta på alla virus som är kända för att infektera människor. Virus tar ofta kontroll över värdens cellsignalering – som bygger på att proteiner binder till varandra - och programmerar om cellens funktion. Vi kommer att skapa så kallade bibliotek där vi delar upp alla virusproteiner i mindre delar. De ska vi sen lägga på ytan av så kallade fager, vilket är virus som infekterar bakterier.
Hur skiljer sig den här metoden från tidigare forskning på området?
– Det finns ju förstås folk som har gjort liknande studier men i mycket mindre skala. Det som är speciellt här är just att vi har en kombination av kompetenser där vi använder oss av nya moderna tekniker i forskningsframkanten. Sen samarbetar vi med bioinformatiker - det räcker inte att vi genererar mycket data, utan vi måste också kunna processa det och få ihop det i en cellmodell. Där har vi ett samarbete med The European Bioinformatics Institute i England. De håller på att ta fram en beräkningsmodell över den humana cellen och vilka proteinnätverk som är viktiga för cellsignaleringen. Sedan kommer vi att hitta interaktioner som kan slå ut vissa delar av de här nätverken under virusinfektion.
Är det några specifika interaktioner ni letar efter?
– Vår hypotes är att vi kommer att se att många virus attackerar samma mänskliga proteiner, det vill säga att det är många olika virus som har samma infektionsvägar. Vi hoppas identifiera de “svaga länkarna” i det mänskliga proteomet (alla de olika proteinmolekyler som ett genom kodar för reds anm) och som virusproteiner siktar in sig på. Detta kommer att ge en bättre grundläggande förståelse för hur virus tar över celler och förhoppningsvis leda till att vi hittar nya mål för läkemedelsutveckling.
Vilka är de största utmaningarna idag för er forskning?
– En av utmaningarna är att det behövs tvärvetenskapliga samarbeten för att göra viktiga framsteg inom området. Det är därför extra roligt att vi lyckats få ihop en grupp av forskningsledare med kompletterande kompetenser inom analytisk kemi, biokemi, biofysik, cellbiologi och bioinformatik, vilket lovar gott för projektet.
Hur kommer ni att använda projektpengarna?
–Vi kommer att rekrytera ett team av doktorander, postdocs och forskare som ska ägna sig åt projektet under de närmaste 5 åren. Sen ska vi skapa nya forskningsresurser och forskningsverktyg, samt bygga upp en bioinformatisk plattform för systembiologisk analys av resultaten. Vi kommer också införskaffa en del utrustning, men det mesta vi behöver finns redan här på BMC.